現在は全てのアイテム・バリエーションを一括でダウンロードする仕様です。
特定のアイテム、バリエーションだけを選択してダウンロードすることはできません。ダウンロードしたCSV上での絞り込みなどで、必要箇所の編集を行ってください。
なお、在庫数を現状のまま変更しないアイテム・バリエーションについては、ダウンロードしたCSVで該当アイテム・バリエーションの行を削除するか、何も編集せずにそのままアップロードしてください。
※「在庫数一括更新」機能はスタンダードプランのみご利用が可能です。
<関連リンク>
【在庫数一括更新】在庫数一括更新機能はスマートフォンでも利用できる機能ですか？
【在庫数一括更新】ダウンロードしたCSVのカラム（先頭行）タイトルを編集してもよいですか？
【在庫数一括更新】「更新する在庫数」を空白にしてアップロードした場合はどうなりますか？